Botchan es un joven tokiota descreído y cínico, alter ego de Soseki, al que mandan como profesor a una escuela rural situada en la remota isla de Shikoku. En su nuevo destino pronto se topará con una serie de insólitos personajes, como el jefe de estudios «Camisarroja» o el «Calabaza», un triste profesor de ciencias de aspecto enfermizo y ánimo sombrío. Pero sobre todo se verá obligado a hacer frente a una auténtica caterva de fieros alumnos asilvestrados, que se consagrarán a hacerle la vida imposible.